Studia Metodologiczne założone zostały w 1965 r. przez przedstawicieli tzw. Poznańskiej Szkoły Metodologicznej. W czasopiśmie publikowali artykuły najwybitniejsi polscy filozofowie zajmujący się metodologią nauki. W latach 70-tych XX wieku na łamach Studiów Metodologicznych ukazywały się publikacje, które uformowały dwa odrębne paradygmaty badań metodologicznych. Pierwszy, kształtował podstawowe pojęcia w zakresie metodologii humanistyki. Drugi, doprowadził do sformułowania idealizacyjnej koncepcji nauki. W tym okresie Studia Metodologiczne pozostawały jednym z najbardziej prestiżowych czasopism podejmujących zagadnienia metodologii nauki, wyznaczając jednocześnie w zakresie tej dyscypliny zasadnicze kierunki badań. Prace obecnego Zespołu Redakcyjnego mają na celu zachowanie wysokiego poziomu czasopisma. Dlatego też Studia Metodologiczne są recenzowane przez niezależnych, zewnętrznych recenzentów.